O presente artigo trata dos desafios de se institucionalizar as práticas de Monitoramento e Avaliação no âmbito da Gestão do Sistema Único de Saúde, tendo como base a construção de uma agenda estratégica, organizada a partir das ações do Gestor Federal, na perspectiva de qualificar o espaço da relação federativa. Para tanto é apresentada uma revisão sumária da literatura, contextualizando o atual processo da gestão do SUS, que tem como base o Pacto pela Saúde, como também aspectos teóricos e operacionais inerentes às práticas do monitoramento e avaliação. A abordagem relacionada à agenda estratégica destaca a criação de mecanismos que articulam a decisão político-institucional, a criação de incentivos financeiros, o desenvolvimento de mecanismos técnicos; estratégias organizacionais de qualificação das equipes gestores; a realização de estudos e pesquisa e a divulgação de informações estratégicas, processos estes pautados pela concepção de atender as especificidades da gestão nas suas diferentes esferas e tendo como base um amplo processo de cooperação envolvendo, além dos gestores, as instituições de ensino e pesquisa e as organizações internacionais..
